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茶屋でアルバイトをしていたフウの下に、ムゲンとジンがやって来た。二人は茶屋で大暴れした揚げ句、代官に捕らえられ処刑されようとしていた。フウは助ける代わりに、一緒に旅をするという約束をさせる。

ムゲンに片腕を斬られた竜二郎は、復讐に燃え、ジンには小物に見えて腕の立つ男、ムゲンには鬼の形相をした怪力の大男を刺客に送り込む。フウは竜二郎にさらわれ、ムゲンとジンはそれぞれ彼らと戦うことになり…。

フウの口やかましさに嫌気がさしたムゲンとジンは、フウを置き去りにして別々にとある宿場町にやって来る。町を仕切る二つの組にムゲンとジンがそれぞれ用心棒として雇われる。一方、同じ町にフウもやって来て…。

それぞれが違う立場で再会するムゲン、ジン、フウ。ジンを雇った組の息子、宗介の過ちにより、二つの組の抗争は激化。それを収めるため、丁半博打で勝負をつけることにする。だがそこに現れた壺振りはフウだった。

渡し舟の金が払えず立ち往生する3人。渡し賃を稼ぐため、各自町に散っていく。フウは浮世絵師のナンパ男に誘われ浮世絵師のモデルになり、渡し賃稼ぎに精を出す。だがそのモデルの仕事は罠だった。

ついに江戸に到着したムゲンは、なぜか大食い大会に出場。そこで知り合った丈二と共に江戸観光を始めてしまう3人。しかし、その4人の跡を、異人江戸侵入の情報を受けた同心たちと謎の虚無僧チームが追って来て…。

ムゲンたちは、スリの新輔に財布をすられてしまう。新輔を探すムゲンたちだが、ヤクザの小五郎も新輔を探していた。町中で出会う新輔、フウ、小五郎たち。とっさに新輔はフウを人質に取り油問屋の中に逃げ込むが…。

自称･将軍になる男、永光はメガネをかけた侍ばかりを襲う。ある飯屋でフウたち3人に出会い、ピンときた永光は早速フウをナンパし、無理やりデートに連れ出す。そこで永光の口からフウは驚くべきことを聞かされ…。

ダフ屋からニセの手形をつかまされ、ムゲンたちは関所で捕まる。このまま3人とも磔処刑かと思われたが、奉行の衣笠から「山を越えて罪人の首を届け日没までに関所に戻ってこられたら命を助けてやる」と言われ…。

ある宿場町で侍ばかりを狙った辻斬り事件が頻繁に起こっていた。たまたまその町の寺でアルバイトをしていたフウたちは、事件の犯人を捕まえた者に賞金が出ることを聞き、アルバイトそっちのけで犯人探しを始める。

フウたちは宿代を稼ぐため、それぞれアルバイトを始める。ムゲンは用心棒、フウは茶屋のスタッフ、ジンはうなぎ屋台の売り子に。うなぎに戸惑うジンに紫乃がさばき方を教えてくれるが、明日から遊郭で働くと言う。

久しぶりに宿に泊まることになった3人。フウが風呂に入っている間にジン・ムゲンの二人は、フウが書き綴った日記を見つけ勝手に盗み見る。その日記には、男・食べ物・旅のことなどが、赤裸々に書かれてあった。

ムゲンたちは山沿いの道を迷いながら歩いていた。不意に道が開け、ついに海まで出てしまう。そこでムゲンは幼馴染みの少女･コザと偶然再会する。喜ぶコザに対し、ムゲンの表情は険しい。そこに一人の男が現れ…。

ムクロとの賭けに負け、ムゲンは御用船の金を奪う計画に加わる。フウやコザが心配する中、嵐の海に船を漕ぎだすムゲン。順調に計画は進行していくが、同時に別の計画が動きだしていることは誰も知る由は無く…。

山深い森の中、一人の男を影の軍団が追う。男は逃げながら胸元から袋を取り出し、近くの池を目掛け力いっぱい投げ、袋は沈んでいく。次の日、その池でムゲン一行が釣りをしているとジンが一つの奇妙な袋を見つけ…。

ムゲンたちは口喧嘩によって3人別々の道を行くことになる。不意にムゲン目掛けて矢が放たれ、ムゲンは矢を放った人物を追い掛ける。同じ頃、ジンは刺客･雪丸を相手に戦っていた。その頃フウは川に落ちてしまい…。

勘違いによりムゲンは男たちに襲われる。男たちは北のある村を焼き滅ぼしたオクルを捜していた。月光の夜、オクルが奏でる楽器の音色が山に響く。そこにムゲンが現れ、満月の下、二人の闘いが始まろうとしていた。

建物や壁に落書きが頻発する、安芸の国までやって来たムゲンたち。字が読めないムゲンは、寺子屋で字の勉強をすることに。その頃、ジンは世話になった人の道場を訪れ、寂れ果てた道場と二人のバカ息子を目にする。

ムゲンとジンの帰りを待つフウ。そこへ女性のキリスト教信者が追われて駆け込んで来る。彼女を匿うフウだったが、追っ手に連れ去られる。その頃、ムゲンとジンは街道でキリシタン狩りに遭遇し…。

ある日、立ち寄った居酒屋でフウたちは盲目の女旅芸人･沙羅と知り合いになる。意気投合した沙羅とフウたちは途中まで一緒に旅をすることに。久しぶりの美人にムゲンは浮き足立ち、4人の旅は楽しく順調に進むが…。

沙羅はフウに、ムゲンかジンのどちらかに旅についてきてほしいと告げる。悩んだフウは、ジンに「沙羅と一緒に旅をしてほしい」と告げてしまう。ジンは沙羅と旅に出るが、これが悲しくはかない戦いの始まりだった。

木の根元に生えた松茸の様なキノコを食べるムゲンとジンをフウがたしなめている時、急に道が崩れ、3人は転落してしまう。そこは巨大な発掘現場で、人々が平家の埋蔵金を探して穴を掘り続けている場所だった。

野球のセンスを認められたムゲンは、アメリカ艦隊チームと影丸という男率いるチームとの試合に巻き込まれ、影丸チームのメンバーにされる。ジンとフウもメンバーに入れられ、二つの国の命を懸けた対抗戦が始まる。

ムゲン、ジン、フウの厳しくも楽しい3人旅も終盤に差し掛かっていた。ある日の夜、焚き火を囲んで今まで明かさなかった自分たちの過去を語りだす。3人の距離は縮まっていくが、背後には江戸から来た最強の敵が…。

フウはムゲンとジンを残し、生月島に渡る。だが、ムゲンに恨みを持つ三兄弟の藤兵衛と馬之介に捕まってしまう。ジンはムゲンを生月島に行かせるため、刺客･刈屋景時と闘っていた。船で島に急ぐムゲンだったが…。

フウを助けるために刀を捨て、馬之介に痛めつけられるムゲン。景時に太刀筋を読まれ、攻撃をかわされるジン。この旅最大の危機を二人はどのようにして脱し、フウはヒマワリの侍に出会えるのか!?