ポケットモンスター金銀編のアニメ動画を全話無料視聴できる配信サービスと方法まとめ

マサラタウンから始まるサトシのジョウト地方への旅。オレンジ諸島で知り合ったケンジは、オーキド博士の助手となった。サトシとピカチュウ、カスミとトゲピー、そしてタケシ、また新たな旅がここから始まる。

サトシたちは、キキョウシティに向かっていた。途中、チコリータを連れた新人トレーナー、ナナコに出会う。ナナコはサトシに早速勝負を挑むが、あっさりと負けてしまう。悔しがるナナコの前にロケット団が現れて…。

森の中を歩くサトシたちは、森林警備隊モリオに出会う。モリオは、カイロスの生態系を調査するために森へやって来たのだが、カイロスの森へ続く吊り橋が、何者かによって谷に落とされていた。

旅を続けるサトシたちは、ドンファンの飼い主ヒイラギと出会う。ヒイラギのドンファンは、メノウを見つけるよう訓練されていた。その噂を聞きつけたロケット団が、ヒイラギのドンファンを奪おうとするが…。

森の中で迷ってしまったサトシたちは、深い霧の中で幻覚を見てしまう。そこにシゲルが現れ「この森はホーホーがいないと抜け出すことが出来ない」と言われる。サトシたちは無事森を抜けることができるのだろうか。

ラフォールタウンにたどり着いたサトシたち。ここでは年に一度のポケモンパフォーマンス大会が開かれている。そこで、サトシたちはダンスユニット、ヒッキーズを率いるヒカルという少女と出会ったのだが…。

サトシたちが通りかかったコクモタウンに「怪盗猫八」を名乗る泥棒が現れた！その大泥棒を捕まえるのが、コクモタウンのジュンサーとイトマル。サトシたちは早速「怪盗猫八」退治に協力を申し出るが…。

サトシたち旅の途中、首にリボンを付けたブルーを見つける。ブルーのご主人のカネヨは、見つけてくれた御礼にと、自分の屋敷に招待するが、そこにロケット団が現れて、ブルーをさらっていってしまった!

メジカタウンを訪れたサトシたちは、子供のオドシシに出会った。タケシは怯えているオドシシに近寄り警戒を解く。と、その時、町の真ん中にオドシシの大群が現れた！だがそれは、子供のオドシシが作った幻覚だった。

次のジムに向かうサトシたちは、野原で野生とおぼしきチコリータに出くわす。手強いチコリータだったが最後はサトシが勝利した。気絶したチコリータをポケモンセンターに連れて行こうと抱き上げるが…。

旅の途中サトシは、川のほとりで大事なGSボールをミズウオポケモンのヌオーに持ち去られてしまう。ヌオーの後を追い、GSボールを取り戻そうとするサトシと、これを機にヌオーをゲットしようとするカスミだったが…。

キキョウジムを目指すサトシたちは、6体のレディバを操るマコトという少女と出会う。6体ものレディバを見事に操る秘密、それは、先祖から代々伝わる笛にあるという。その笛を狙って謎の二人組が近づいてきた。

ハッピータウンにたどり着いたサトシたち。この町のポケモンセンターでは、ハピナスがジョーイさんの助手を務めていた。その晩、ポケモンセンターに忍び込んだロケット団は、ハピナスに見つかってしまうが･･･。

サトシたちは、最初のジムがあるキキョウシティにやってきた。キキョウジムを探している途中、女教師サユリと出会う。見学を申し込むタケシの勢いに押されサトシたち一行は学校を見学することに…。

リーグ戦に臨むためキキョウジムまでやってきたサトシたち。勝負への意気込みを見せるサトシだったが、突然ロケット団にピカチュウを奪われてしまう。あわや今回は、ロケット団の完全勝利かと思われたその時…。

キキョウシティを出発したサトシたち。道中、突然みずねずみポケモンのマリルが現われた。尻尾に結ばれたリボンからどうやらすでにゲット済みらしい。果たしてトレーナーはどこにいるのだろうか?

旅の途中、木陰で昼寝するサトシたち。退屈そうにしていたトゲピーもやがて眠りについた。そこへ、近くの森に住むオタチがやってきて、眠っているトゲピーに興味津々、オタチは眠ったままのトゲピーを転がし始め…。

サトシたちは 、リザフィックバレーにたどり着いた。ここはリザードンの有名な生息地である。そこで、美女のリザードン使いジークに出会ったサトシたち。リザフィックバレーを案内してくれるジークの真意とは?

旅を続けるサトシたちは、道中チサトという少女と出会う。チサトは”たいようポケモン”のキマワリを育てているという。この街では年に１回キマワリの美しさを競う”キマワリコンテスト”が行われているのだ。

サトシはヒワダジムに向かう途中、塾帰りの少年からポケモンバトルの挑戦を受ける。サトシはチコリータで勝負にのぞむが、手強く苦戦する。チコリータを戻しピカチュウをバトルに投入しようとするサトシだったが…。

道中サトシたちは“わたくさポケモン”のハネッコに出会う。強い風に吹かれ飛ばされているハネッコを追い掛けていくと、そこにはアズサと名乗る少女がいた。アズサはハネッコを育てながらなにかを観察している様子。

サトシたちは旅の途中、グライガーの鳴き声を聞き、興味を抱く。と、突然ロケット団の落とし穴にはまったサトシたち。しかし謎の男グライガーマンに助けられる。果たしてこの男の正体とは?

サトシたちはヒワダタウンにむかう途中で”わたげポケモン”のメリープを放牧している親子に出会う。娘のカレンは年に一度、村で開かれるカーニバルで開催されるポケモンバトルに参加しようとしているのだが…。

旅の途中、サトシたちの目の前にハッサムが現れた。ハッサムのトレーナー、ムラマサは実力のあるトレーナーを求め、この森で腕試しをしていたのだ。腕前を認められたサトシはムラマサが開く道場へと案内される。

旅の途中、森で道に迷ったサトシたちは、ガラの悪そうな少年と出会う。少年はこの辺に生息するヒノアラシを探しているという。サトシたちもヒノアラシをゲットしようとやる気になるが、そこにロケット団が現れて…。

ヒワダタウンに着いたサトシたち。 ジムリーダー戦に望む前に、GSボールを見てもらうため、ガンテツさんをたずねることに。そこでサトシたちが見たものは、どこへ行ってもヤドンだらけという、異様な光景だった。

オーキド博士のお使い、ＧＳボールを無事ガンテツに渡すことが出来たサトシたち。そんなガンテツからぼんぐりの実でモンスターボールを作ってもらえることを聞き、喜んで裏山へと向かったサトシたちだったが…。

いよいよヒワダジムのジムバトルに望むサトシ。植物園のようなこのジムには虫ポケモンがいっぱいだ。ジムリーダーのツクシは「歩く虫ポケ大百科」の異名を持つ。果たしてサトシは勝利することができるのだろうか?

サトシたちはウバメの森で、カモネギのトレーニングに励む少年ナオトに出会った。すぐにナオトと別れ、次なる街へ向かおうとしていた矢先、慌ててナオトがサトシたちのもとに駆け込んできた!

コガネシティをめざすサトシたちは海岸沿いでソーナンスとトレーナーのテルに出会う。どうやらポケモン交換フェスティバルでソーナンスを他のポケモンと交換するみたいだ。だがフェスティバルにはロケット団が…。

旅の途中、木陰で昼寝するサトシたち。退屈そうにしていたトゲピーもやがて眠りについた。そこへ、近くの森に住むオタチがやってきて、眠っているトゲピーに興味津々、オタチは眠ったままのトゲピーを転がし始め…。

サトシたちはコガネジムへ向かう旅の途中、“みずうおポケモン”のウパーを世話する“ウパーの保育園”に着いた。ひょんなことからサトシたちは保育園でウパーの世話をすることになるが…。

サトシたちは旅の途中、ブルーに出くわした。以前にカネヨのところにいたブルーのようだ。そこにひょっこりとプリンが現われ、プリンの歌で眠ってしまったサトシたち。目を覚ましたサトシたちが見たものとは…。

森を行くサトシたちは、キャンプ中にテントを何者かに荒らされてしまい、サトシは今まで大事に使ってきたリュックを盗まれてしまった。手がかりとして残された足跡を追うサトシたちが見たものは…。

サトシたちは旅の途中、川で釣りをするが、結果はさっぱり。そこへ突然水しぶきとともにワニノコが現れた。サトシとカスミはゲットしよう必死。ワニノコを巡って二人の争奪戦が始まった。

サトシたち一行は道中、峠の橋を通るポケモントレーナーをことごとく打ち負かすという凄腕トレーナーのうわさを耳にする。サトシたちは早速橋に向かうが、そこにいたのはなんとタケシ好みの美しい少女だった。

次なる目的地コガネシティに向かうサトシたちの前にマリルリが現れた。それを見たサトシのワニノコはすっかり一目惚れ。そこに、突然ヒバリという少女が自分のマリルリを探しにやってきて…。

森の中を進むサトシたちは、トリガイという男に出会った。トリガイによると、この森はヨルノズクのすみかで、中でも珍しい、色違いのヨルノズクがいるらしい。サトシは早速ゲットに闘志をもやす。

ポケモンたちをみんな外に出し、のびのび過ごしていたサトシたち。そこへ、突然ロケット団が現れ、サトシたちのポケモンをすべて奪ってしまった。と、その瞬間、森の中からリングマの群れが現われて…。

サトシたちは途中の森で「ゴーストポケモン多発地域！」と書かれた看板を目にする。不安を隠せない一行の前に突然姿を現したのはキリンリキとそのトレーナーのチェリーという少女だった。

サトシたちは、立ち寄った町でポケモンにたとえて占うポケモンうらないが最近評判だと知る。興味津々のサトシたちは、その本が買えるという町外れの老夫婦が営むポケモンの育て屋に行くのだが…。

大都会コガネシティに到着したサトシたち。いざジムバトルと、やる気満々のサトシだったが、コガネジムは留守だった。すっかり気勢をそがれた一行は、気分転換にウインドーショッピングに出るが…。

ジムリーダー、アカネにバトルを挑んだもののアカネのミルタンクに完敗したサトシとピカチュウたち。サトシはアカネのミルタンクに打ち勝つ術を見いだせないでいた。そんなサトシをアカネは牧場へと案内する。

サトシは、レストランでラジオ番組プロデューサーのアラシから、人気番組、ポケモンストリートへの出演を依頼される。コガネジムのバッジをゲットした者がゲストに招かれるコーナーがあるというのだが…。

エンジュシティを目指して旅を続けるサトシたちは、自然公園で、虫取り大会が開かれていることを知る。サトシはやる気満々で参加を申し込む。そこには以前出会ったトレーナーのナナコの姿が…。

旅を続けるサトシたちは、川に橋がないことを知り近くのおじいさんに頼み込むことに。すると、そのおじいさんはウソッキーというポケモンを見せれば、船で向こう岸に渡してくれるというのだが…。

旅の途中、オーキド博士に呼ばれ寄り道をするサトシたち。向かった先は古代ポケモンの化石がたくさん発見されているというアルフの遺跡。ここですごい発見があったらしい。サトシたちが目にしたものとは…。

旅の途中、オニドリルに追われていたポッポを無事救い出したサトシたち。そこへワタリと名乗る少年が駆けつけた。ワタリによるとポッポは通信の不便な所へ手紙を届けている伝書ポッポなのだというが…。

旅の途中、どしゃ降りにあってしまったサトシたち。あわてて雨宿りをしようと駆け込んだのは、怪しげな洋館だった。一休みをしていると突然中から悲鳴が…。この洋館には一体何が潜んでいるのだろうか?

旅の道中、あばれケンタロスが老人に突進するのをくいとめたサトシたちは、その老人に気に入られ家に招待されることに。着いた先では、数々のポケモンが格闘修行に汗を流すポケモン道場であった!!

いつのまにかジャングルの中へ入ったサトシたちは、ひょんなことから天然の温泉を見つけ大喜び。ビーチボールで遊んでいたが茂みの奥へ跳ねていってしまった。それを追いかけたポケモンたちは…。

旅の途中、カスミのニョロゾが、突然トキオという少年のニョロボンに殴られてしまう。怒るカスミは、アズマオウ・フィッシング大会にトキオが出場すると聞き、自らも大会にエントリーすることに…。

以前シザーストリートで出会ったユキからメールが来たタケシ。彼女は、ブリーダーの大会に出場するため、パートナーのポケモンを探しているらしい。タケシは預かっていたロコンをユキに渡すため会場へと向かった…。

旅の途中、サトシは食べ過ぎが原因で腹痛になってしまう。そこへ、小柄なおじいさんがサトシに丸薬を与え、すぐに腹痛を治してしまった。このおじいさんは秘伝の漢方薬を探しているのだとか…。

道中の峠道で、サトシのライバル、シゲルのバトルを目撃するサトシたち。シゲルはブラッキーで見事に相手を打ち負かした。勝負を挑むも断られたサトシは悔しさの余り、レストランでヤケ食いをしていると突然…。

森の中でレディアンを見つけ後を追ったサトシたちに、突然強風が吹き付けてきた。その風は、森林警備隊のシロウが、レディアンの特訓のためピジョンにおこさせたものだと判明。サトシも特訓につきあうのだが…。

サトシたちは道中、多数のソーナンスに出会う。そのソーナンスたちに付いていったサトシたちは、村人全員がソーナンスを持つ、ソーナンスの村に辿り着いた。そして今日は、ソーナンス祭りの日なのだとか…。

旅の途中、立ち寄ったポケモンセンターで、イミテと再会したサトシたち。かつては半人前だったイミテのメタモンも、ポケモン大演芸祭に招待されるほどに成長していた。久々の再会を喜び合う一同だったが…。

旅の途中、森の中でサトシは見覚えのあるリボンを付けたブルーを目にする。サトシは以前出会った大金持ちのカネヨさんのブルーだと主張。さらに道を行くとカネヨさんの召使いが倒れていた。そこに現れたのは…。

旅の途中で一休みするサトシたち。そこへコンパンと共に現れたのは真っ赤な忍者装束に身を包んだ、セキチクジムのジムリーダー、キョウの妹、アヤだった。そして謎の老人が現れて…。

サトシは旅の途中、ヤンヤンマとそのトレーナーのヒロトという少年に出会う。ヒロトはヤンヤンマの羽根から発する衝撃波で町中のガラスが割れるため、手を焼いていた。そこでヒロトのためにサトシは一肌脱ぐことに!

サトシたちはエンジュシティを目の前に、ポポッコとそのトレーナー、ミノルと名乗るその少年と出会った。ミノルによるとエンジュシティでは年に一回くさポケモントーナメントが開かれるというのだが…。

旅を続けるサトシたち。小高い丘を越えたところに果樹園があった。果樹園の入り口までやってきたサトシたちだったが、突然ピカチュウに果実泥棒の疑いがかけられてしまった。真犯人は一体誰なのだろうか？

サトシたちは山岳地帯でヘルガーを見かける。ヘルガーは鞄をさげており野生のポケモンではない様子。と、そこへ突如あらわれたロケット団。そのどさくさに紛れてカスミのトゲピーがはぐれてしまった!

サトシたちはエンジュシティにたどり着いた。エンジュジムはこの街のシンボルすずの塔の近くにあるという。しかし、一行の目の前にそびえ立つ塔はまるで火事でやけたような有様。一体この塔に何があったのか…?

サトシたちはジムリーダー、マツバに出会った。彼は伝説のポケモン・ホウオウとコンタクトできる一族の末裔であり、ゴーストポケモンの使い手だ。果たしてサトシはジムバトルを制することができるのだろうか!?

マツバとのジム戦を終えたサトシたちは、大きなエンジュシティにもうしばらく止まることにした。まずは腹ごしらえと評判のお団子屋に入った一行の目に映ったのは街で催されるお茶会のポスターだった。

サトシは、ジョウトリーグで手に入れた４つのジムバッジを嬉しそうに磨いていた。そこへ、三羽のヤミカラスが現れ、サトシの虎の子のバッジを奪い逃げてしまった。サトシは無事バッジを取り戻せるのだろうか…？

照りつける太陽に喉がカラカラのサトシたち。ポケモンセンターを目指す一行は、風化しかけた古代文明の遺跡にたどり着いた。遺跡にはテッポウオの彫刻が多くみられ、ここもかつては水の豊かな土地だったようだが…。

不気味な雰囲気の森を進むサトシたち。タケシによれば、どうもこの辺りに凶悪なポケモンが出没するという噂があるらしい。サトシたちは無人の山小屋を発見しそこで泊まることにするが、外で怪しい物音が…。

サトシたちは、かつて旅の途中に出会ったカメラマンのトオルと再会する。トオルは伝説のとりポケモン、フリーザーを撮影するため探し回っていたのだ。そこに突然、氷漬けになったヒマナッツが落ちてきた!

フリーザーを探しに雪山までやって来たトオルとサトシたち。お弁当を食べようとしたところ、突然ウリムーが突進してきた。このウリムーはコユキという少女とその父親が温泉探しのため連れて来ていたものらしい…。

サトシたちとトオルはフリーザーを追い求め、付近で最も高いシラユキ山へとやってきた。雪道を進む一行は凍りついた姿のプリンを発見する。もしや、頂上に行けばフリーザーに出会えるかもしれない…。

次の街へと谷間を進むサトシたち。そこへ突風が吹きつけ、大岩が一行めがけて崩れ落ちてきた！とその時、3つの影がサトシたちを間一髪で救い出した。それは、ハルカとユタカの兄弟が率いる3匹のウインディだった!

虫取り網を片手に持つ、キイチと出会ったサトシたち。キイチは以前ここでノコッチが大量発生した時、自分だけゲットし損なったというのだ。サトシたちはキイチの為、ノコッチゲットを手伝うことにするのだが…。

旅の途中、ピカチュウがロケット団特製のオリに閉じ込められてしまう。そのオリを抱え逃げるソーナンスが岩につまずきピカチュウはサトシの元に。しかし、オリを開ける専用の鍵をもったソーナンスは行方不明に…!?

旅の道中、タケシが突然たおれてしまう。責任感の強いタケシはポケモンたちの世話を休むわけにはいかないと無理をするが、足腰が立たない様子。サトシとピカチュウたちは彼の仕事を引き受けることにするのだが…。

旅の途中、リキシータウンに立ち寄ったサトシたち。そこでは、オーダイルがバトルの特訓を行っていた。どうやらオーダイルはトレーナーのライデンと共にポケモン大相撲の優勝を目指しているらしいのだが…。

山道を歩くサトシたち。さっきからピカチュウの様子がおかしい、どうやらバテ気味のようだ。と、突然あらわれた謎の老人が一行に話しかけてきた。彼はこの辺は電気エネルギーを吸収してしまう特殊な土地だと言い、驚いたことにピカチュウにまでポケモン語で話しかけたのだ。ポケモンの言葉がわかるというこの老人は一体何者なのだろうか？

とある森の中でタケシのゴルバットが気を失っている女性を発見した。考古学の研究員ナツキは遺跡の調査中に土砂崩れに遇ってしまったのだ。サトシたちはナツキを助け起こし無事を確認するが、調査に必要な超音波探知器が壊れてしまったらしく、一行は調査を手伝うことに…。遥か昔、黄金の仮面と杖を使ってポケモンを自由に操る女王がいたという伝説が残るこの遺跡、何か秘密がありそうだ。

サトシたちが道中立ち寄ったホワイトタウン。ここの街並みは歴史遺産の候補にも挙がるほどの美しさで一行も思わず感動。ところが突然の悲鳴に気が付けば、街が誇る白い壁をさまざまな色に塗り替えようとする者がいるではないか。その犯人はなんと３匹の“えかきポケモン”ドーブルであった。サトシたちは落書き現場に偶然通りかかった為、この騒動に巻き込まれてしまうが…。

アサギシティを目指し旅を続けるサトシたち。ポケモンセンターが近くにないため野宿の支度をしていたが、通りかかった少女ユメカが転びそうになったところをタケシが救ったことから、一行はユメカの自宅に世話になることに。いつもは美人と見ればすかさずアタックするはずのタケシだったが、今回ばかりは勝手が違いユメカの猛烈ラブアタックにすっかりタジタジ。いったいどうしちゃったの！？

旅の途中、とある高原を通りかかった一行。吹き抜ける風の心地よさに、サトシもポケモンたちもそろってひなたぼっこ。丁度お腹もすいたのでランチの準備がはじまり、サトシもチコリータと薪を探しに近くをうろつくが、高原にポツンと建っていた謎の建物に閉じこめられてしまう。さらに、そこにはお宝目当てに忍び込んでいたロケット団がいたからさあ大変！一体どうなる事やら…。

サトシのチコリータは無事ベイリーフに進化したが、まだ自分の力をコントロールできない様子。以前のようにサトシに甘えようとすると勢い余って吹っ飛ばしてしまうこともしばしばだ。サトシもしょうがないと思いつつ調子があわず困ってしまう。そんな折り、ベイリーフはサトシに注意されたことから傷つき家出をしてしまう。河原までやってきたひとりぼっちのベイリーフは足を滑らせ川に落ちてしまう…。

サトシ一行は道中の草むらで“ことりポケモン”のネイティと少年のコンビに出くわした。しかし、少年は話しかけるとそそくさとその場を立ち去ってしまう。その後、立ち寄ったナットタウンではフェスティバルが開かれており集まったポケモン大道芸人たちで大にぎわい。エイパムの竹馬乗りやストライクの紙きり芸等々が並ぶ中、ネイティの占いにも人だかりが…そこにはさっきの少年の姿もあった。

道中の草原に、奇妙なバツ印を見つけたサトシ達。ミステリーサークルか！？と思いきや、上空を気球で通りかかった少年トビオからそれは気球競技の標的だと教えられる。一行はトビオの家に招かれもてなしを受けるが、ひょんな事から明日行われるポケモン気球大会に出場することに…。トビオの父お手製のピカチュウ気球で大会に挑むサトシたち、はたして結果はいかに？

街なかで女の子ばかりの人だかりを見かけたサトシ達。興味津々でのぞき込もうとしたところ、人垣をかき分け出てきたサングラスに帽子姿の男から毛布にくるまれた何かを渡される。「しばらく預かってくれ！」と、男は言い残しその場を去ったが…。サトシの手元に残されたのは何とも愛くるしい“くちづけポケモン”ムチュールだった。男の正体はいったい何者なのか？そしてムチュールとの関係は…？

湖のほとりでキャンプをしていたサトシ一行。「ザザザ…」という音に気付けば、湖面にはサイドンらしきポケモンの背ビレが…しかし、岩系ポケモンのサイドンがなぜ水中に？通りかかった美女エリコによれば、それは“なみのり”をおぼえたサイドンなのだという。彼女は足を怪我したおばあさんの移動を助ける為に湖の下にトンネルを掘っていたのだが、この“なみのりサイドン”の力がどうしても必要なのだとか。サトシ達はエリコに協力しようとするが…。

次の街を目指すサトシ達を突如覆う黒い影。何かと思えば上空を通過する巨大な飛行船のものだった。近くに降り立つこの飛行船に惹かれて一行は発着所に向かうが、そこでは乗務員がポケモンの医者を探していた。ポケモンの治療に心得のあるタケシが名乗りをあげ、案内された船内にはゴージャスな美人姉妹が待っていた。彼女たちがかわいがっているカクレオンがどうやら船酔いしたらしい。丁度その頃、ロケット団はこの巨大飛行船を丸ごと奪おうと企んでいた…。

サトシたちが見つけたのは、水がきらきらと輝き、心地良い風が吹き抜けるアラタマ池と呼ばれる池だった。しかし、その池の中から「ザザザ…。」といきなり何者かが現れた。それはなんとこの池のほとりにある、ポケモンセンターのジョーイさんではないか。それを知ったカスミは大感激！！何故ならアラタマ池のジョーイさんは水系ポケモン好きの間でも憧れの名医だからだ。しかし、皆はジョーイさんの意外な事実を聞かされ、だーいショック！！！一体ジョーイさんに何が！？

次のジムをめざし旅を続けるサトシたち。砂漠を越えればアサギシティーと思いきや、その砂漠で立ちふさがるのは、またもやロケット団。ドガーズに対抗し、サトシが持ち出したのはヒノアラシ。だが、ドガーズの煙幕に、ヒノアラシの火炎が引火して大爆発！！一瞬にしてヒノアラシがきえてしまった！？ヒノアラシを探しながらポケモンセンターによったサトシ達は、そこでポケモンの傷を癒すといわれる不思議なオアシスの話を耳にする……。

ようやくアサギシティにたどり着いたサトシたち。ひさびさのジム戦に挑もうと、アサギジムの門をたたいた。中で待ち受けていたのは、体は小さいにもかかわらずサトシらに堂々に挑む女の子。アサギバッジを手に入れるために勝負にでたサトシだったが、突然ふと目の前に現れた美少女に止められてしまった！！実は、この美少女こそ本物のジムリーダーのミカンであり、戦いに挑んできた女の子はコナツという名のジムの見習いであったのだ。

アサギバッジのゲットは後回し、次はタンバジムに挑戦だ！とタンバシティーにやってきたサトシ一行。途中、海沿いの道から「どりゃぁぁぁぁー！」と声が聞こえてくる。何事かとのぞいてみると、道着を身にまとったオヤジが、ゴーリキーと共に猛特訓に励んでいる。なんだか凄そうなこのオヤジ。聞いてみるとタンバジムのジムリーダーではないか！はたしてこのオヤジからバッジを手に入れることができるのだろうか。

言い伝えによると、謎のポケモンが潜んでいるという“うずまき列島”の話を耳にしたサトシ一同は、胸をわくわくさせながらその島へ向かう船に乗った。しかし、その船にはまたまたロケット団が。ロケット団をやっつけるため攻撃をしかけたピカチュウだったが、誤って船の一部を破壊してしまった！海には渦潮がもの凄い勢いで迫っているというのにサトシたちは海に投げ出されてしまう。このままでは皆、渦潮に呑み込まれてしまうぞ！！どうなる！？サトシたち！

うずまきカップ挑戦を目指し、うずまき列島の旅をスタートさせたサトシ達は途中、飛太という青年に出会い、デカポッポ島なる島の話を聞かされる。名前が一風変わっているその島、そこにいるポケモンも普通ではないという！？そのポケモンの正体というのはポッポ。形はありふれているようだが……なんとなんと大きさがふつうの3倍ある上に、空も飛ぶこともできないのだという！サトシ達一行は飛太に連れられてデカポッポ島に足を踏み入れることになった！！

うずまき列島の青岩島に上陸したサトシたちは、次の町を目指す途中「ブルーレイク」という湖のある山頂に立ち寄ることにした。道中、突然目の前に現れたのは、あんこうポケモンのチョンチーとダイキという名の少年であった。こんな山中にどうしてチョンチーが！？聞いてみるとブルーレイクはチョンチーたちが卵からかえって育つ、うまれ故郷なのだという。そして、サトシたちが旅を続けるように、チョンチーたちにもふるさとを離れ、海を目指さなければならない旅があったのだ。

うずまきカップ出場に向けて旅を続けるサトシ一行は、黄岩島にたどりついた。黄岩島は呼び名のとおり岩が黄色く、サニーゴがたくさん生息している島である。カスミはかねてからの願いである、サニーゴがゲットできるとワクワクしていた。そんな矢先、驚いたことに海からズズーッと流されてくるのは一軒の家だった！！屋根の上にみえるのはなんと、元気なサニーゴと、一人の少女。なぜこんな信じられないことが起きているの？

うずまきカップが行われる赤岩島へ行く船に乗るため、オギシティーの港に辿り着いたサトシ達であったが、1日1便しか出ないという船に乗り遅れて、立ち往生していた。そんなとき、声をかけてくれた女性ルカが、彼女の船で赤岩島まで連れて行ってくれることに。かなり年季の入った船の中でサトシたちが見つけたもの、それはなんと古い海図であった。これは一体なんの地図なのか？まさか宝の山がねむっている！？

ようやく、うずまきカップの開催地である赤岩島のカクイシティに辿り着いたサトシたち。その街は、サトシたちと同様、戦いに挑もうとやってきた多くのポケモントレーナーでごったがえしていた。明日はいよいよカップ予選開始だ！と、やる気満々のサトシたちであったが、影ではそんなサトシたちを目で追う怪しき何者かの姿が…。そして、サトシらの目の前に現れたこの怪しき者の正体、それはポケモントレーナーのハチロウであった。

見事うずまきカップ予選を勝ち抜いたサトシとカスミ。次はいよいよ本線だ！コロシアム中響きわたる歓声の中始まった開会式には、きらびやかな衣装を身にまとった美しい女性が現れた。彼女はうずまき列島の文化と伝統を守りつづける海の神官（しんかん）マヤ。そんな彼女の言葉によれば、カップ優勝者にはある賞品を贈呈する…と。優勝者のみがゲットできるこの賞品、一体どんな代物なのか！サトシたちは優勝を目指し、闘志を燃やす！！

うずまきカップ２戦目にして早くもバトルで衝突してしまったサトシとカスミ。戦いで使えるポケモンはたったの２体。２体のポケモンが戦闘不能になった時点で勝敗が決まる。水ポケモンマスターのプライドにかけて負けるわけにはいかない！と豪語するカスミ。一方、どんなバトルでも勝ってみせる！と意地を見せるサトシ。両者一歩も譲らないまま始まったバトル、はたしてその結果は！？

再びアサギシティに戻ることにしたサトシたちは、連絡船が出るボウゼタウンへ向かっていた。しかし、こそこそと陰謀を企てる黒い影が。ロケット団が落とし穴を仕掛けていたのだ。今どき落とし穴に引っ掛かるわけなんて……と思っていたのも束の間。実にあっけなく落とし穴にはまってしまったサトシたち。しかも、仕掛けた落とし穴に自分ではまり、墓穴を掘ってしまったロケット団！そこで彼らはある不可解な出来事に遭遇した！！

沈没船から“ぎんいろのはね”を発見したサトシたちは、謎のポケモンの正体を突き止めるために、銀岩島のカサドシティにやってきた。途中サトシたちはアクセサリーショップオーナーのユリコに出会い、彼女の店に立ち寄ることに。なんとこのアクセサリーは銀岩島でしか採ることのできないギンガン石からできているとのこと。そして、この石から作られたぎんいろのはねのアクセサリーはお守りとしての価値があるのだという。

謎のポケモンのさらなる手がかりを求めて、沖島にやってきたサトシたち。そこでヒロシとばったり再会する。ヒロシもまた、謎のポケモンのうわさをかぎつけてここまでやってきたのだという。共に海にくり出したサトシとヒロシたちであったが、そこで見かけたのは、海の中でポケモンとたわむれる一人の少年。謎のポケモンについて聞こうと声をかけるが、少年は何も知らないという…。なんだかあやしい素振りのこの少年、なにか隠しているような…。

ついにサトシらの目の前に姿を現した幻のポケモンルギアの親子。しかしそれを狙っていたロケット団のナンバ博士らの手によって、子供のルギアが奪い去られてしまった！親のルギアは怒り狂い、もの凄い威力で海を荒らしている。なんとかルギアの怒りを静めようとするが、ルギアの怒りは最高潮に達して止まない。サトシたちはなんとか親ルギアを静める為に、必ず子供のルギアを取り戻してみせる！と堅く約束する。

連れ去られた子供のルギアを助け出すため、ロケット団のナンバ博士たちの基地に向かったサトシたちであったが、子供のルギアをおとりにして親のルギアを捕獲しようとするナンバ博士らのワナにかかり、なんと親ルギアまでもが捕らわれてしまった！！ナンバ博士らのたくらみ、それはルギアの底知れぬ怒りのパワーを利用して、人類のために強大なエネルギーを開発することであったのだ！

うずまき列島の旅を終え、再びアサギシティに戻るために船乗り場にやってきたサトシ一行。そこで見かけたおじいさんに定期船の出発時間をたずねると、明日の午前中まで船は出ないとのこと。だが、明日の朝にはジム戦をひかえているため、どうしても今日中にはアサギシティにたどり着きたい一行は困り果てるが、そんなサトシにおじいさんは、ホーホー航空の存在を教えてくれた。そこなら飛行機でアサギシティまで連れて行ってくれるというのだ。

６つ目のバッジをゲットするため、再びアサギシティにやってきたサトシたちは、待ちに待ったジムリーダーミカンとのバトルを目前にひかえ、海岸で猛特訓にはげんでいた。そこへ現れたのはまたもやロケット団。今回は、新兵器ソーナンスロボでピカチュウゲット作戦に出てきた！サトシたちのどんな攻撃にもびくともしないソーナンスロボ。たじろぐ彼らの目の前に突如現れたのは、ミカンであった。そして彼女は、ハガネールを持ち出し、あっという間にロケット団をやっつけてしまった！

次の町へ向かう途中にオーキド博士に連絡を入れたサトシたち。かつてはポケモンたちが仲良くすみ分けて暮らしていたオーキド邸の庭。しかし今となっては、ポケモンたちの陣地争いで毎日ケンカがたえず、博士の手に負える状態ではないという。なんとかして以前のような平和を取り戻したいと願うオーキド博士。そんな博士がサトシに頼んだこと、それはフシギダネに仲立ちしてもらい、争いを止めてもらうことであった。

次の町を目指して、エンジュシティを再び訪れたサトシたち。そこで美人５人姉妹の一人、サクラと会う約束をし、久しぶりの再会を楽しみに待っていた。すると、そんな彼らの前に突然エーフィが現れた。あまりの美しさにみとれる一行であったが、なんとこのエーフィの持ち主はサクラだった。サクラの家に招待された一行。そこで彼らを迎えてくれたのは勢ぞろいした美人姉妹の面々であった。

エンジュシティを旅立とうとしたサトシたちであったが、突然どこからともなく鳴り響く鈴の音に足を止めた。この鈴の音に町中の人々もおどろき、ざわめいている。スズのとうから鳴り響く鈴の音、これは伝説のポケモン“ホウオウ”の到来を知らせるものであったのだ。ホウオウがやってくる時に鳴るのは、９階の鈴だけ。しかし、奇妙なことに全階の鈴が鳴り響いている！！激しく鳴り響く鈴の音は、何かを暗示しているのだろうか！？

次なる目的地を目指し旅を続けるサトシたちは、緑豊かな町ライズタウンへとやって来た。突然サトシたちの目の前に現れたのは、ボードを足につけウィンディを手綱であやつるシゲルの姿。聞けば、これは「ポケモンライド」という競技で、毎年この町で開催される「ポケモン競技大会」に向けてみな練習にはげんでいるらしい。それを聞いたサトシは、ここぞとばかり参加の名乗りを上げる。果たして、このポケモンライドとはどんな競技なのだろうか？

ライズタウンのタマゾウにポケモンのタマゴをもらったサトシたちは、大切に抱きながら、どんなポケモンが誕生するのか楽しみにしていた。そんな矢先、突然の豪雨に襲われた一行は、近くのポケモンセンターで一晩泊めてもらうことに。大切なタマゴを枕元に置き、一度は床につくサトシ。ところが、夢にうなされたサトシが目を覚ましたところ、なんとタマゴが消えているではないか！！一同あわてふためく中、そこへ警察官のジュンサーがかけつけてきた。

次の町､チョウジタウンを目指すサトシ一行であったが、突然サトシのリュックの中から光りがあふれ出した。どうやら、育て屋のタマゾウにもらったポケモンのタマゴが光っているようだ。サトシがケースを開けてみると、突然タマゴがプルプルふるえだした。いよいよ待ちに待ったポケモン誕生か！？とじっと見つめるサトシたち。すると、あたり一面まばゆい光に包まれた！！そしてその光が何か形作っている。そこには卵からかえったポケモンが立っているではないか！！

旅を続けるサトシたちの前に、突然立ちふさがるロケット団。しかしまたたく間にサトシたちに打ちのめされてしまい、あっけなく引き下がるはめに。自分たちの失敗に嫌気がさしたロケット団がひっそりと始めたこと、それはロケット団のロケット団によるロケット団のための反省会であった。わが身を振り返りながら、どうすればサトシたちに勝てるのかを話し合うロケット団。あれやこれやと考えた結果、ついに彼らが下した決断とは！？

チョウジタウンを目指し旅を続けるサトシたち。すると、あたり一面濃い霧が立ちこめ、彼らの視界が閉ざされてしまった！その時、霧の中から浮かび上がってきたのは、古風なチャイナドレスを身にまとった女性であった。横には、きつねポケモンのキュウコンを連れている。「霧が晴れるまで、うちで休んでいってください」という彼女の親切な言葉に甘え、一行はこの女性の後について彼女の家に向かったのだが、そこで彼らは、奇妙な出来事に巻き込まれてしまう…。

スリバチやまの洞窟を通り抜けたサトシたち。そこで一行が遭遇したのは、木陰の下で、さびしげに座っているけんかポケモンのバルキーであった。タケシが、ポケモンフーズを差し出したその瞬間、バルギーが彼のリュックに飛びつき、中に入っていたポケモンフーズをごっそり奪い去って行ってしまった。ズルがしこいバルギーにしてやられたりの一行は、意地でもポケモンフーズを取り返そうと、バルギーに攻撃をしかけるが、全く歯が立たない様子。

ロケット団と落とし穴に落ちてしまったサトシたち。そこへ突然、向こうから巫女さんの格好をしたミココという女の子がやってきた。なんだかあわてている様子のミココの後を追う一行。そこで見たものは、巨大な円形の空間の中でブランコに乗っているせいれいポケモンネイティオの姿。聞けばここは、ネイティオの占いを信じ、何事もネイティオの占い任せの人々が集まった異様な土地なのだとか…。一体ネイティオに秘められた力とは！？

突然ピカチュウとトゲピーに異変が！！あたりを見回すと、他のポケモンたちも皆グッタリしている。とその時、森の向こうから「ウゥゥゥゥー！！」という低いうなり声が聞こえてくるではないか！“いかりのみずうみ”で彼らが目撃したもの、それは湖から出現した、きょうあくポケモンギャラドスであった！その姿は何かにもがき苦しみ、体は燃えさかるように赤い。それを見ていた一行の背後に、突如数名の部下を引き連れた黒服の男が現れた。果たして、この黒服の男の正体は！？

サトシたちは、ロケット団の悪行を食い止めようと必死に立ち向かうが、捕獲リングで捕らえられ身動きが取れなくなってしまった！一方、ロケット団の内部には、単身潜り込んでいる人物が…。ポケモンＧメンのワタルだ。彼は、ロケット団になりすまし、アジトを突き止めて、人目を盗んでジュンサーに応援を要請していたのだ！その後、ワタルがサトシたちを連れ出して向かった先は、チョウジタウンにあるロケット団のアジトであった。そこには、捕らえられたギャラドスがいる！

７つめのアイスバッジをゲッドするために、気合いを入れてチョウジジムの門をたたいたサトシ。中から現れたのは、シマバアという元気なおばあさん。ジムリーダーのヤナギは裏山で修行中だというのだ。ヤナギは、以前、赤いギャラドスの救出にはげむサトシらに「ポケモンと人間は永久に友達にはなれん…」と言い放ち去って行ったおじいさん。不愉快に感じながらもヤナギにジム戦を挑むサトシであったが、なんとヤナギは、その場を立ち去ってしまった！

ジムリーダー・ヤナギとのジム戦に挑むために、チョウジジムへとやって来たサトシ一行。だが、ヤナギにバトルフィールドに案内された一行は、思わず息をのんだ。なんと、床はすべて氷でできていて、中央にはあちこちに氷のかたまりが浮いたプールがあったのだ！そしてジム戦が開始、最初にヒシアラシを持ち出したサトシであったが、氷の上ですべったり転んだりして、ヤナギの“あしかポケモン”ジュゴンを相手に、かなりの苦戦をしてしまう。

最後のバッジをゲットするため、サトシたちはフスベシティを目指していた。とその時、木陰に数匹のナゾノクサが倒れているのを目撃する。サトシたちのおかげで回復したナゾノクサは、ある場所へと一行を連れていく。たどり着いた先は谷の前に広がる草原だったが、そこではなんとラフレシアとキレイハナがケンカをしていた！あわてて止めに入ったサトシたちであったが、そこへ現れたのは、草タイプポケモン研究所のサイガという男であった。

次の目的地フスベシティを目指すサトシ一行であったが、道のど真ん中でグーグー寝ている「ようがんポケモン」のマグカルゴに道をふさがれてしまう。マグカルゴを無理矢理起こそうとするが、マグカルゴは突然怒り狂って大暴れしてしまった！得意な水ポケモンを持ち出しカスミが食い止めようとするが、機嫌の悪いマグカルゴ相手にやられっぱなし。その時、その様子を一部始終見ていた元気の良い少年・ヤケイシが、そんなカスミを笑い飛ばしてきた。

サトシ一行は、“くらやみポケモン”のヤミカラスを連れている“ポケモン魔法使いのリリー”と名乗る女の子と出会う。リリーが持つ魔法の秘伝書には、先祖代々伝わる魔法の使い方が書かれているという。彼女はその秘伝書の中でも、いまだかつて誰も成功していないとされる「ポケモンの気持ちがわかる魔法」をかけるのに必要な材料を探し集めていた。どうやらこの秘伝書には、ピカチュウの10万ボルトも必要だと書かれているようだ。

フスベシティを目指し旅を続けるサトシたちに、強力な電気吸い取り器を持ち出してピカチュウをゲットしようとしてきたロケット団。ピカチュウの電気が全部吸い取られて大ピンチになるサトシたちだったが、そこへツバサという女性が助けに来てくれた。ボロボロのピカチュウを見てツバサが一行に告げたこと、それは「ピカチュウを回復させることはできるが、この先で見るものを決して誰にも話さないで」ということであった。

サトシたちの前にひょっこりと現れたのは２匹のププリン。続いて家の中から飛び出してきたのは、チヒロという名の女の子であった。聞けばこの２匹のププリンは、テレビやコンサートにひっぱりだこの歌って踊れる双子のアイドルポケモンであったのだ。コンサートを目前にひかえて練習にはげむププリンたちのショーを見学させてもらうことにしたサトシたち。リズムに乗って息がぴったり合ったププリンたちの歌やダンスを見るや、一同「かわいー！！」と、もうメロメロの様子。

旅を続けるサトシたちは、悟りの湖といわれている「ヤドンの湖」にたどり着いた。そこへ突然、「まぬけポケモン」のヤドンがやって来た。尼さんのミヤビによると、実はヤドンは、こう見えても「自分がいったい何者であるのか」というよな深いことを考えつづけているポケモンなのだという。サトシ一行も、ロケット団も、いざ自分が何者かと問われると、口ごもってしまう。そんな彼らを、ミヤビは「ヤドン寺」というさとりを開くためのお寺に案内する。

ポケモンセンターで休憩をとっていたサトシ一行。オーキド博士がパーソナリティーをつとめるラジオ番組を聞いていたところ、今度、番組の公開録音を開催するらしい。博士との久しぶりの再会を楽しみにしながら、当日、開催地に足を運んだ一行であったが、会場に入るや大変な事件が起こっていた！！なんとオーキド博士と名乗る人物が２人もいるのだ！？

道中、ちょっとひと休みをして月見をすることにしたサトシ一行。しかし、サトシだけはきれいなお月様もそっちのけで、食べるほうにすっかり夢中。ふと空を見上げれば、なんとも幸運なことに流れ星が降ってきた。あわてて願いごとをする一同であったが、すぐさまこの流れ星の異変に気づく。だんだん地上に近づいてくるのは流れ星ではなく、巨大な飛行物体だったのだ。

旅を続けるサトシたちは、通りすがりに何やら人だかりを見かける。行ってみると、そこでではポケモンバトルがくり広げられていた。聞くところによると、ヤスジという強者が「おたまポケモン」のニョロボンで、何人もの相手を打ち負かし、全勝を果たしているというのだ。相手が水ポケモンだときたら、当然引き下がってはいられないカスミは、自分のニョロゾでヤスジにバトルを挑む。

フスベシティをめざして旅をするサトシたちは、道中出くわした女性から、「バトルパーク」の存在を教わる。どうやらそこは、ほとんどのポケモンがそろっており、対戦したいポケモンを自由に選んでバトルすることができる場所だというのだ。胸が高なるサトシたちは、さっそくバトルパークへ向かう。そこでサトシたちを出むかえた謎のスタッフは、最強ポケモン陣とのスペシャルバトルコースをすすめてきた。最強と聞いてますます燃え上がるサトシ。

旅のとちゅう、湖のほとりで昼寝をしていたサトシたち。目をさましたニョロトノが、おむすびを見つけて食べようとした瞬間、手がすべってコロコロころがっていってしまった。あわてて追いかけるニョロトノのもとへ、突然かけ寄ってきたのは、チアリーダー風の女性。その女性は、むりやりカスミのニョロトノをどこかへ連れ出してしまった。行き着いた先でそんなニョロトノを待ち受けていたのは、全国大会を目ざして日々練習にはげむポケモンチアリーダーたちだったが…。

次の目的地、フスベシティをめざすサトシ一行は、旅の途中で「氷の洞窟」を発見する。近道と思われるこの洞窟の中を通りぬけることにした一行。しかし、サトシたちは全員、誰かがしかけた氷の落とし穴にはまってしまうのだった。全身ずぶぬれの彼らは、身をふるわせながらどこか暖まる場所を探し歩いていた。そこで見つけたのは、なんとポケモンセンターだった。

ついに目的地のフスベシティへたどり着いたサトシ一行は、湖の近くで眠っているドラゴンポケモンの「ミニリュウ」を発見する。ものめずらしそうに歩み寄る一行であったが、突然湖の中からギャラドスが出現し、彼らに向かって猛攻撃を加えてきた！そんな中、あばれるギャラドスを静めてくれたのは、イブキという女性。聞けば彼女は、大切なミニリュウをこのギャラドスに守ってもらっていたらしい。そこへ、イブキのもとにひとりの老人が何かを抱えてかけ込んできた。

８つめのバッジをゲットするために、最後の砦（とりで）・フスベジムの門をたたいたサトシたち。いよいよジムリーダー・イブキとのジム戦の幕がきって落とされた。イブキが初戦からキングドラを出してきたのに対し、サトシは早くもピカチュウで勝負する。白熱のバトルがくり広げられている最中、フスベジムの家宝「竜の牙」が大切に保管される宝物庫には、お宝に目がくらんだロケット団がもぐりこんでいた。

ロケット団の手によってフスベジムに代々伝わる「竜の牙」がうばい去られてしまった。ロケット団は、この地でドラゴンポケモンの守護神といわれるカイリュウを味方につけて逃亡中、味をしめて平和の象徴「祈りの炎」と呼ばれる金の器まで盗み出すしまつ。ところが、器から発せられる炎が、あたり一帯に燃え移って事態は大ごとに。そして突然、カイリュウが豹変しあばれ出してしまった！

フスベジムのジムリーダー・イブキとサトシの熱戦の火ブタが切られた！前回のジム戦で自分の手持ちポケモンでは、形勢不利だと察したサトシは、ポケモンセンターでポケモンを入れ替えていた。イブキは前回同様、キングドラを出すが、サトシは戦略を変えてカビゴンで勝負に出た。キングドラの猛烈な破壊光線に圧倒されるものの、カビゴンも並はずれた体力を武器に一歩も引かない様子。

ついに最後のバッジをゲットしたサトシたちは、いよいよジョウトリーグを目指して旅をしていた。その情報をかぎつけたロケット団は、一行からバッジを盗み出そうとたくらんでいた。たくみな変装で見事サトシらをだまし、バッジをうばうことに成功したロケット団。これで手柄がたつとよろこぶ彼らは、うばったバッジをソーナンスに手渡す。

シロガネ大会に出場するためワカバタウンを目指し旅を続けるサトシたちは、途中海ぞいでポケモンシンクロショーの見学ができるという会場に立ちよった。息がぴったり合った水ポケモンたちの華麗なショーに、一同はくぎづけ。おどろいたことに、これらのポケモンの指揮をとっていたのは、リュウジという少年であった。彼は水ポケモンをこよなく愛するリュウグウジムのジムリーダーだという。

ワカバタウンを目指して旅を続けるサトシたちは、途中、ウツギ博士からある重大な任務を言いわたされる。それはポケモン海洋研究所に行って、ポケモンのタマゴを受け取ってくることであった。サトシたちが向かった先では、ナルミという女性が観測機器を操作し、海で何やら実験を行っていた。すると突然、海中からものすごいエネルギーが発生し、ラプラスの大群が次々に飛び出してきたのだ。

ウツギ博士から使命を受けたサトシたちは、海洋研究所のナルミからポケモンのタマゴをあずかった。シロガネ山の禁猟区からぬすみ出されたというタマゴをお腹にかかえ、しんちょうに運ぶサトシ。すると突然タマゴが割れて、何かが生まれ出した！「伝説のポケモンの誕生か！？」と息を飲む一行。中から現れたのは、ふるえているヨーギラスだった。

ポケモンのタマゴから生まれたヨーギラスを故郷に返すため、シロガネ山を目指していたサトシたちは、山の中でとある温泉を見つける。そこで一行は、伝説のポケモン・エンテイのゲットを夢見て旅を続けていた少年・ナオヤと出くわす。この温泉はポケモンたちをいやし、ポケモン同士のいがみ合いをなくす効能があると聞き、さっそく一行はいまだみんなにとけこめずにいるヨーギラスを温泉に入れてあげることに。

旅のとちゅう、足をふみ外し山をすべり落ちてしまったサトシたち。目の前に広がっていたのは、ひからびた湖とバテバテのようすで寝そべっているヤドンたちの姿だった。奇妙に思いながらも湖の中で発見した「おうじゃのしるし」にかけよろうとしたその瞬間、物すごいいきおいであらわれた男性にはばまれてしまった。その男性の娘だというアリスから事情を聞くと、この湖はある日突然水位が下がり「おうじゃのしるし」と壁画がうき出てきたというのだ。

ウツギ博士からあずかったヨーギラスを故郷に返すためにシロガネタウンをめざし旅をするサトシたちは、その道中、でんきポケモンのエレキッドにめぐりあう。しかしエレキッドはヨーギラスもろともロケット団に網で捕らえられて逃げられてしまった！ゆくえもわからぬまま必死で探す一行であったが、そこへぐうぜん出くわしたのはナナコ。彼女はあこがれのエレキッドをゲットするため、日々あちこちをさがし回っていたらしい。

シロガネ山を目ざし旅をつづけていたサトシ一行のもとに、とつじょセンイチという少年がバトルをいどんできた。彼は、ひのこポケモンのブビィで勝負をしてきた。それに対しサトシは、ヒノアラシで真っ向勝負。しかしブビィのすばやい攻撃に、ヒノアラシは完敗してしまう。サトシがブビィの強さの秘けつを聞くと、センイチはシロガネ大会を目ざし日々トレーニングにはげんでいるという。

シロガネ山に向かうとちゅう、なにやら気配を感じとったヨーギラス。突然、カスミの顔面に直撃してきたのは、なんと謎の多いシンボルポケモンのアンノーン！しかし、そのアンノーンはすっかり弱っていた。ぶつかった拍子にアンノーンの気持ちが伝わってきたと主張するカスミ。半信半疑の一行であったが、カスミによれば、このアンノーンは具合が悪くて仲間とはぐれてしまったというのだ。

ウツギ博士からあずかったヨーグラスを故郷に返すために、シロガネ山にやって来たサトシ一行。よろこぶヨーギラスの目の前にあらわれたのは、お腹に大きな傷を持つバンギラスであった。どうやらヨーギラスの母親らしい。サトシらがヨーギラスのタマゴを盗んだのだと誤解したバンギラスは、怒りのあまり一行に攻撃してきた。しかし、そこへあやしい３人組が出現し、バンギラスを特殊装置で捕獲してしまった。

次なる目的地・シロガネタウンへ向かうとちゅう、ホウオウ院に立ちよったサトシ一行。そこには人が集まっていて、ジョウトリーグシロガネ大会の聖火がともるのを待ちわびていた。昔この地はあらそいがたえず、人もポケモンも傷つき、土地もあれはてた。そこへ伝説のポケモンホウオウが出現し、あたり一帯を焼きはらってあらそいをしずめた。その時燃えのこった炎を「聖なる炎」と呼び、代々保存して守っているという。

ようやくシロガネタウンにたどり着いたサトシたち。ポケモンセンターでジョウトリーグシロガネ大会出場の手つづきを終えたところへ出くわしたのは、サトシのライバル・シゲルであった。ひさしぶりの再会だというのに、優勝あらそいの話題になるや、両者火花をちらす。ますます闘志を燃やすサトシは、ポケモンバトルの選考会が行われるバトルフィールドへ。予選リーグの出場権はこの選考会の結果が大きく左右するため気がぬけない。

シロガネ大会予選リーグ出場権をみごと獲得したサトシ。予選リーグは一組３人の総当たり戦で、一番勝ち点が多いものが決勝トーナメントに出場できる。対戦相手の一人、モエという女の子とあいさつをかわしたサトシは、その晩、明日のバトルにそなえて戦略をねることに。パソコンでモエのデータ研究をすると、どうやら炎タイプのポケモンを得意とするらしく、サトシは水ポケモンのワニノコとキングラーをエントリーすることにする。

ジョウトリーグシロガネ大会の予選リーグの初戦で、みごと対戦相手を打ちやぶったサトシ。次なる相手は、ワカバタウンのジュンイチである。ジュンイチは初戦でモエに敗退しているため、もう負けることはできない。一方、サトシはジュンイチに勝てば予選リーグを通過、負ければみな同点でふり出しにもどってしまう。ジュンイチが水ポケモンのマリルリを出し、サトシは電気ポケモンのピカチュウで立ち向かう！

ジョウトリーグ・シロガネ大会予選をみごと勝ちぬき、順調に決勝トーナメントにコマを進めたサトシ。しかし、決勝トーナメント１回戦の相手は、なんとライバルのシゲルだった！決着がつかなかった過去の勝負をふり返り、あらためて闘志を燃やす２人。オーキド博士やサトシのママも応援にかけつけ、さらにサトシのもとにはリザフィックバレーで修行中のリザードンも飛んできてくれた。みんなの気持ちが高まる中、２人の運命のバトルが今はじまる！

ついに始まったサトシとシゲルのバトル。サトシのポケモンたちは善戦するものの、シゲルのポケモンたちの圧倒的パワーに次々とたおされていく。ついに手持ちのポケモンが残り１体までおいつめられてしまい、サトシは絶体絶命に！！最後のポケモンはサトシが強い信頼をよせるリザードン。しかしシゲルはそれをお見とおしといった様子で…。そしてライバル対決がついに決着する！！

シロガネ大会決勝トーナメント１回戦で、ライバルのシゲルをたおしたサトシ。次の２回戦は、ホウエン地方出身のハヅキとの対決である。クセのあるポケモンで攻めてくるハヅキと、相変わらず予想外な作戦で応戦するサトシは、一進一退のすばらしいバトルをくり広げる。そして接戦の末、サトシはハヅキを追いこむが、ハヅキの最後１体のポケモンは、サトシにとってはまだ謎の多いホウエン地方のポケモン・バシャーモだった…！

シロガネ大会決勝トーナメント、サトシとハヅキのバトルもいよいよ終わりに近づいていた。両者のこり１体となり、ハヅキのバシャーモとサトシのリザードンという炎タイプ同士の一騎打ちとなった。おたがい一歩もゆずらない、文字どおり死力をつくす激しいバトル！この熱いバトルの軍配は一体どちらに上がるのか…！？そして試合終了後、シゲルがサトシにある決心を語り出し…。

ジョウトリーグ・シロガネ大会も幕を閉じ、一行はサトシのふるさと・マサラタウンを目ざしていた。途中、カスミは姉たちのわがままで、ルスになるというハナダジムに帰らざるをえなくなってしまう。長旅の苦楽を共にした３人に、とうとうわかれの時がおとずれる。さびしさにとまどうカスミは、サトシの無神経な言葉につい腹を立ててしまう。そして、タケシもシゲルもそれぞれの事情で旅立っていくのを見送りながら、サトシは１人取り残されたような不安を感じ…。

ホウエン地方を目ざし、マサラタウンを旅立ったサトシ。だがそこにロケット団が立ちはだかる！むかえうとうとするサトシだが、今の仲間はピカチュウだけ。そのため、上手く立ち回れずに、サトシたちははなればなれになってしまう…！！どさくさでロケット団のニャースといっしょになってしまったピカチュウは、ひょんなことからポケモン同士のあらそいにまきこまれていた。

劇場版ポケットモンスター「ミュウツーの逆襲」に登場したミュウツーとサトシたちの、オリジナル長編作品パート１。人跡未踏の地でミュウツーとコピーポケモンたちは静かに暮らしていた。しかし、ミュウツー見つけたサカキは、密かにある計画を進行していたのだった。サトシたちをも巻き込み、ミュウツーとコピーポケモンたちの運命をかけた壮絶なバトルが始まった。

劇場版ポケットモンスター「ミュウツーの逆襲」に登場したミュウツーとサトシたちの、オリジナル長編作品パート２。人跡未踏の地でミュウツーとコピーポケモンたちは静かに暮らしていた。しかし、ミュウツー見つけたサカキは、密かにある計画を進行していたのだった。サトシたちをも巻き込み、ミュウツーとコピーポケモンたちの運命をかけた壮絶なバトルが始まった。

劇場版ポケットモンスター「ミュウツーの逆襲」に登場したミュウツーとサトシたちの、オリジナル長編作品パート３。人跡未踏の地でミュウツーとコピーポケモンたちは静かに暮らしていた。しかし、ミュウツー見つけたサカキは、密かにある計画を進行していたのだった。サトシたちをも巻き込み、ミュウツーとコピーポケモンたちの運命をかけた壮絶なバトルが始まった。